魔法——这不是传说或童话的產物，而是发展至今將近一个世纪的现实技术。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法师」培育机构「魔法科高中」，某位少女將入学就读。容貌秀丽、完美无缺的优等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪梦想著和一同入学的哥哥——达也过著亲密的高中生活，但挡在她面前的是一科生与二科生——优等生与劣等生的高墙……!?由爱慕哥哥之心更胜亲情的妹妹——深雪的视角所鲜活描绘的，另一个「魔法科高中」在此上演。